La Chiesa di Santa Maria delle Grazie è la più antica parrocchia della diocesi di Pozzuoli, elevata il 15 novembre 1624 dal vescovo Lorenzo Mongiò ed aveva competenza su un vasto territorio che ricomprendeva i principali comuni della zona flegrea.

La chiesa fu edificata agli inizi del XVI secolo, nella zona dell’attuale Piazza della Repubblica, e dedicata alla Madonna delle Grazie. Nella seconda metà dello stesso fu costruito, in adiacenza alla chiesa un ospedale che da essa prese il nome.

In questo periodo l’edificio di culto subì vari rimaneggiamenti e fu, con molta probabilità, anche ampliato, grazie all’intervento di una confraternita di laici puteolani; nel corso del XVII e del XVIII secolo la chiesa fu ulteriormente arricchita con la creazione di nuovi altari e cappelle.

Questa sistemazione rimase inalterata fino al 1825 quando furono eseguiti dei lavori di restauro, a spese del vescovo di Pozzuoli Carlo Maria Rosini e del Municipio di Pozzuoli. Nonostante ciò, la chiesa era quasi sempre invasa, durante l’inverno, dalle acque del mare e corrosa dalla conseguente umidità: essa compromise a tal punto la struttura, che si ritenne opportuno demolirla e ricostruirla dalle fondamenta. Il progetto fu affidato nel 1858 all’architetto Achille Catalano e portato a termine alla fine del 1860.

Nel 1915 la chiesa fu arricchita di un pulpito marmoreo e, nel 1923, di una cappella in onore del Sacro Cuore di Gesù. Nel 1948 fu ulteriormente ampliata, con la creazione delle absidi in fondo alle navate e arricchita con la doratura del soffitto, le pitture dei pennacchi della cupola, eseguite dal pittore puteolano Leon Giuseppe Buono (1887 – 1975), la pavimentazione in marmo, la scala marmorea del pulpito e l’organo polifonico.

A causa del bradisismo del 1970 la chiesa parrocchiale che, avendo subìto grandi danni nelle strutture portanti, fu sottoposta ad un radicale opera di consolidamento e di restauro, iniziata nel dicembre del 1973 e terminata nei primi giorni di ottobre del 1975. Altri interventi di restauro all’edificio furono effettuati a seguito del terremoto e conseguente bradisismo del 1980.